Здравствуйте, отрабатывать 2 недели необходимо если расторжение договора происходит по инициативе работника (ст.80 ТК РФ), в данном случае расторжение трудового договора происходит по обстоятельствам, не зависящим от воли сторон (ст.83 ТК РФ)
Трудовой договор подлежит прекращению по следующим обстоятельствам, не зависящим от воли сторон:
1) призыв работника на военную службу или направление его на заменяющую ее альтернативную гражданскую службу.
Основанием для издания приказа является повестка о явке для направления к месту прохождения военной службы, в которой указан день отправки призывника к месту прохождения военной службы. В приказе указывается последний день работы работника, предшествующий дате отправки к месту прохождения военной службы.
Таким образом, отрабатывать не надо.