Как подать заявление в прокуратуру на руководство ООО?

Всё делаете правильно, но результат маловероятен.

Так как с точки зрения закона, Вам полагаются только те выплаты, которые прописаны в трудовом договоре.

Статья 56. Понятие трудового договора. Стороны трудового договора

Трудовой договор — соглашение между работодателем и работником, в соответствии с которым работодатель обязуется предоставить работнику работу по обусловленной трудовой функции, обеспечить условия труда, предусмотренные трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами и данным соглашением, своевременно и в полном размере выплачивать работнику заработную плату, а работник обязуется лично выполнять определенную этим соглашением трудовую функцию в интересах, под управлением и контролем работодателя, соблюдать правила внутреннего трудового распорядка, действующие у данного работодателя.

Статья 57. Содержание трудового договора
В трудовом договоре указываются:
условия оплаты труда (в том числе размер тарифной ставки или оклада (должностного оклада) работника, доплаты, надбавки и поощрительные выплаты);