Здравствуйте, по общему правилу докуменация соответствия качества должна быть.
В соответсвии с Постановлением Правительства РФ от 30.06.2004 N 327 (ред. от 12.09.2015) «Об утверждении Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору»
Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору наделена полномочиями:
5.1.6. государственный надзор в области обеспечения качества и безопасности пищевых продуктов, материалов и изделий в пределах своей компетенции, в том числе за соблюдением требований к качеству и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна при осуществлении их закупок для государственных нужд, ввозе (вывозе) на территорию Таможенного союза, а также при поставке (закладке) зерна и крупы в государственный резерв, их хранении в составе государственного резерва и транспортировке;
Соответсвенно данные действия можно рассматривать как правомерные.
В дополнение: Внеплановые проверки они на то и внеплановые чтобы выявлять нарушения (чтоб их не успели спрятать).Поэтому если у вас недостаточно сопроводительных документов, то действия их правомерны. Правда частенько они этот конфискат не фиксируют нигде, а забирают себе(не в этом вопрос). Держите все сопроводительные документы до мельчайщих на готове, если покупаете у иностранного поставщика нужен будет сертификат соответствия