Как мне поступить, если бухгалтерия отказывается оплачивать работу в выходной день?

Здравствуйте, Валерий! В вашем случае работник, который готовит распоряжение ( приказ) о командировке нарушает трудовое законодательство. Время нахождения в пути во время командировки включается рабочее время, а работа в выходной день должна оплачиваться в двойном размере. Неправомерные действия администрации вы можете обжаловать в Трудовую инспекцию или в суд ( в течение трех месяцев со дня неправильной выплаты). Прилагаю консультацию по вашему вопросу из ПС «Консультант Плюс»

Электронный журнал «Азбука права», 23.12.2015
ОПЛАЧИВАЕТСЯ ЛИ КОМАНДИРОВАННОМУ РАБОТНИКУ
ВЫХОДНОЙ ДЕНЬ, ПРОВЕДЕННЫЙ В ПУТИ?

Время нахождения работника в пути в место или из места командировки относится к рабочему времени, поскольку он исполняет распоряжение работодателя о направлении в командировку и не может использовать это время по своему усмотрению (ст. ст. 106, 166 ТК РФ).
Поэтому, если работник находится в пути в свой выходной день (по графику командирующей организации), это означает привлечение его к работе в выходные дни.
Работа в выходные дни оплачивается не менее чем в двойном размере:
— сдельщикам — не менее чем по двойным сдельным расценкам;
— работникам, труд которых оплачивается по дневным и часовым ставкам, — в размере не менее двойной дневной или часовой ставки.
Если же вы получаете оклад, то сверх оклада вам должны выплатить не меньше одинарной дневной или часовой ставки (части оклада за день или час работы), если выходной день находится в пределах месячной нормы рабочего времени. Если выходной день вне месячной нормы, то он должен быть оплачен в размере не менее двойной часовой или дневной ставки сверх оклада (ч. 1 ст. 153 ТК РФ).
Вместо оплаты выходного дня в повышенном размере по вашему заявлению вам могут предоставить другой день отдыха. Тогда день нахождения в пути оплачивается в одинарном размере, а день отдыха не оплачивается (ч. 3 ст. 153 ТК РФ).
За выходные дни нахождения в пути, кроме того, вам должны быть выплачены суточные (абз. 3 п. 11 Положения об особенностях направления работников в служебные командировки, утв. Постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749).