Здравствуйте, Евгений.
При не оплате патента в срок вы утрачиваете право на ПСН и признаетесь плательщиком налогов по общему режиму. Такие последствия оговорены в п. 6 ст. 346.45 НК РФ, процитированном Боровицким Г.
Но дело в том, что УСН, которую вы применяете наряду с ПСН является альтернативой общему режиму и одновременно с ним применяться не может.
Существует судебная практика о том, что при утрате права на патент, упрощенец не теряет право на УСН, несмотря на то, что в законе сказано иное.
Минфин по этому вопросу дает весьма расплывчатые разъяснения, понимая противоречивость п. 6 ст. 346.45 НК РФ.
Поэтому, существует вероятность, что отстаивать позицию по применению УСН за период, на который был выдан патент, придется в судебном порядке.
По поводу торгового сбора.
Письмо ФНС России от 08.12.2015 N СД-4-3/21499
В случае если дата начала применения патентной системы налогообложения приходится на середину периода обложения торговым сбором (квартал), то индивидуальный предприниматель должен уплатить сумму торгового сбора за текущий квартал, а также соответствующую стоимость патента.
В частности, можете посмотреть этот судебный акт. Но учтите, что в Московском округе есть и противоположная практика. Поэтому рекомендую уплатить патент в срок и избежать тем самым возможного перевода на ОСН.