Добрый день, Светлана.
Проблема при таком соотношении долей и равной юридической стоимости практически неразрешима и лежит не в юридической плоскости. Конфликт может привести к выходу одного из участников и реализации имущества для выплаты стоимости его доли. Преимущество обычно получает участник — директор общества, так как именно он формирует бухгалтерскую отчетность и может исказить стоимость доли.
Думаю возможен компромисс, например помимо «ненужного» магазина одному из участников выплачивается денежная компенсация.
Еще раз повторю, кто бы вам чего не обещал, в этом случае только взаимовыгодная договоренность разрешит проблему, конфликт ни к чему не приведет, говорю вам из очень большого опыта разрешения подобных конфликтов.