Может ли суд утверждать, что я знал о нарушении моих прав, если мои права по его мнению не нарушены?

Согласно ст.392 Тк рф работник имеет право обратиться в суд для защиты своих прав в течении трех месяцев с момента когда узнал или должен был узнать о их нарушении. Если суд говорит о том что вы знали, значит такие обстоятельства были установлены в ходе судебного заседания. На каком основании сделаны такие выводы сказать сложно не видя материалов дела. Документы, показания свидетелей, ваши признания?.. Срок не пропущен вероятно с момента вашего обращения в суд, но тогда уже закончилось нарушение прав. Срок можно было попробовать восстановить, но знающий юрист сказал бы что такое ходатайство необходимо подавать вместе с иском.

В соответствии с п. 2 ст. 199 ГК РФ исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения. Данное положение применяется к трудовым отношениям по аналогии (вопрос 51 Обзора судебной практики Верховного суда РФ от 03.12.2003 г., 24.12.2003 «Обзор законодательства и судебной практики Верховного суда Российской Федерации за третий квартал 2003 года).
Заявление стороны в споре о применении срока исковой давности является основанием к отказу в иске при условии, что оно сделано на любой стадии процесса до вынесения решения судом первой инстанции и пропуск указанного срока подтвержден материалами дела. При этом необходимо учитывать, что заявление о применении срока исковой давности не препятствует рассмотрению заявления истца-гражданина о признании уважительной причины пропуска срока исковой давности и его восстановлении, которое суд вправе удовлетворить (п. 12 Постановления пленума ВАС РФ от 28.02.1995 г. № 2/1 «О некоторых вопросах, связанных с введением в действие части первой Гражданского кодекса Российской Федерации»).

Начало течения срока исковой давности суды связывают со следующими обстоятельствами:
1. Прекращены ли с работником трудовые отношения или нет, начислена ли ему заработная плата, существует ли длящийся характер отношений.
В п. 56 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 17.03.2004 г. N 2 «О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации» сказано, что рассматривая дела по иску работника, трудовые отношения с которым не прекращены, о взыскании начисленной (депонированной), но не выплаченной заработной платы надлежит учитывать, что заявление работодателя о пропуске работником срока на обращение в суд само по себе не может служить основанием для отказа в удовлетворении требования, поскольку в указанном случае срок на обращение в суд не пропущен, так как нарушение носит длящийся характер и обязанность работодателя по своевременной и в полном объеме выплате работнику заработной платы, а тем более задержанных сумм, сохраняется в течение всего периода действия трудового договора.
В Определении Верховного суда РФ от 21.05.2009 г. N 21-В09-5 указывается, что для признания нарушения трудовых прав длящимся необходимо соблюдение определенного условия: заработная плата работнику должна быть начислена, но не выплачена.
Таким образом, работник, зная, что работодатель исполнил свою обязанность по начислению соответствующей оплаты за труд, в период действия трудового договора вправе рассчитывать на выплату причитающейся ему суммы. Именно поэтому такие правоотношения носят длящийся характер, срок на обращение в суд не будет считаться пропущенным, так как ст. 392 ТК РФ на данную ситуацию не распространяется.

Сложно советовать Вам что то не зная ситуации в целом, но вот примерно так выходит.