Сергей, здравствуйте.
Странная ситуация. Если все остальные документы оформлены без НДС, а Вы применяете УСН, то на каком основании НДС вообще указан в актах КС-2?!
Причем риски здесь возникают у обеих сторон. У Заказчика риски возникают в случае, если он попытается принять его к вычету. В таком случае ему с высокой вероятностью откажут в вычете НДС.
Дело в том, что сейчас, как Вы знаете, у налоговой действует программа АСК НДС-2, с помощью которой налоговики осуществляют сверки начислений и вычетов у контрагентов. Поэтому если Вы НДС в бюджет не заплатите, то Заказчик однозначно его к вычету не примет, независимо от того, что указано в КС-2.
Для Вас, как для Подрядчика, тоже риски огромные. Если в КС-2 будет указан НДС, то налоговики могут воспринять это как выставление НДС «упрощенщиком» (п.5 ст.173 НК РФ). В таком случае «упрощенщик» должен заплатить НДС в бюджет.
Так что данная ситуация несет риски для двух сторон договора подряда. Объясните аргументированно своему Заказчику ситуацию и я думаю он уберет НДС из КС-2 (если там понимающие специалисты есть).
Ну и, наконец, в качестве послесловия спрошу Вас: почему по подрядным работам КС-2 составляет Заказчик, а не Вы (Подрядчик)? Ведь акт выполненных работ — это документ, оформляемый Подрядчиком.