Добрый день!
Аналогичный вопрос уже возникал.
Безусловно, сама по себе (как таковая) программа не может быть запатентована. Ключевая оговорка в ГК РФ — как таковая. Т.е. локально, конкретно никто Вам не выдаст патент на «программу для ЭВМ „Автоматизированная системы предоставляющей информационные услуги“.
Программы могут быть запатентованы, если они 1) включены в некое устройство (например, инновационная стиральная машина с соответствующим ПО); 2) ПО представлено как способ. Как понимаете, для Вас актуален только второй вариант.
Что такое способ по ГК РФ? Это процесс осуществления действий над материальным объектом с помощью материальных средств. В принципе, при грамотных формулировках вполне возможно получить патент на программу через способ. Но надо понимать: это недешево, Вам понадобится очень грамотный именно в этой сфере патентный поверенный, без него Вы не сможете корректно сформулировать формулу изобретения. Это довольно долго — экспертиза заявки идет минимум год.
Сам подход по патентованию программ через способ у нас хоть и молодой, но практика уже есть. Т.к. корни растут из США (именно там это наиболее распространено — крупнейшие софтверные компании имеют огромное количество патентов), у нас такой опыт имеют специалисты Сколково.
Что даст Вам патент против авторского права? Коллеги более-менее пояснили: авторское право охраняет форму. Т.е. стоит написать программу на другом языке программирования — доказать плагиат практически невозможно. Патент защищает именно идею — как именно можно достигнуть того или иного результата. Но если способов множество, Вы должны понимать, патент также можно обойти — Вы пишете, что реализация возможна разными способами.
Поэтому для конкретной консультации обратитесь к патентному поверенному, которому Вы можете подробно рассказать, что именно Вы хотите защитить, в чем именно новизна.
Опять же, если в контексте системы есть какое-то новое дизайнерское решение — т.е. внешний вид, интерфейс, можно рассматривать защиту через промышленный образец (ГК РФ):
Статья 1352. Условия патентоспособности промышленного образца
1…
К существенным признакам промышленного образца относятся признаки, определяющие эстетические особенности внешнего вида изделия, в частности форма, конфигурация, орнамент, сочетание цветов, линий, контуры изделия, текстура или фактура материала изделия.