Добрый день!
В соответствии с п. 5 ст. 6 ФЗ "О высшем и послевузовском профессиональном образовании":
Лица, получившие документы государственного образца о соответствующем уровне высшего профессионального образования, подтверждаемого присвоением лицу квалификации (степени) "бакалавр", имеют право продолжить на конкурсной основе обучение по образовательной программе высшего профессионального образования - программе магистратуры.
Получение образования по следующим образовательным программам высшего профессионального образования рассматривается как получение второго высшего профессионального образования:
- по программам бакалавриата или программам подготовки специалиста - лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста, диплом магистра;
- по программам магистратуры - лицами, имеющими диплом специалиста, диплом магистра, если иное не установлено федеральными законами.
Таким образом, для лиц имеющих диплом бакалавра и продолживших обучение в магистратуре, получение такой степени не рассматривается как получение второго высшего профессионального образования.
Следовательно, Ваш работодатель не прав. Вы имеете право на отпуск без ограничений, поскольку это не считается вторым высшим образованием.
С уважением, Евгений