Здравствуйте, Андрей!
Как понимаю Вы являетесь военнослужащим, и на Вас распространяется закон «О статусе военнослужащих».
В Постановление Правительства РФ от 21 декабря 2011 г. N 1073 «О порядке выплаты ежемесячной надбавки за особые условия военной службы военнослужащим, проходящим военную службу по контракту» за прохождение службу в разведовательных подразделениях положена надбавка до 70% от должностного оклада.
Надбавка должна начисляться с момента назначения на должность.
Т.е. Вам обязаны произвести перерасчет с момента назначения на должность.
Если этого не сделают, то Вы можете обратиться в военную прокуратуру.