Добрый день, Марина Евгеньевна.
Учитывая, что на момент подачи иска вы были ИП, иск подан по подведомственности, следовательно, будет рассмотрен арбитражным судом, независимо от прекращения статуса ИП. Таким образом, вы сохраняете все свои права, в том числе право на апелляцию.
Данная точка зрения, в частности подтверждается положениями Постановления Пленума Верховного Суда РФ № 6, Пленума ВАС РФ № 8 от 01.07.1996 «О некоторых вопросах, связанных с применением части первой Гражданского кодекса Российской Федерации»:
13… С момента прекращения действия государственной регистрации гражданина в качестве индивидуального предпринимателя, в частности, в связи с истечением срока действия свидетельства о государственной регистрации, аннулированием государственной регистрации и т.п., дела с участием указанных граждан, в том числе и связанные с осуществлявшейся ими ранее предпринимательской деятельностью, подведомственны судам общей юрисдикции, за исключением случаев, когда такие дела были приняты к производству арбитражным судом с соблюдением правил о подведомственности до наступления указанных выше обстоятельств.