Можно ли оплатить только полученную в микрозайме сумму и закрыть его?

Добрый день.

На мой взгляд, нет, не можете.

Так как на сумму займа, скорее всего, начислялись проценты, которые были оговорены договором.

Согласно ст. 809 ГК РФ если иное не предусмотрено законом или договором займа, займодавец имеет право на получение с заемщика процентов на сумму займа в размерах и в порядке, определенных договором.

При отсутствии иного соглашения проценты выплачиваются ежемесячно до дня возврата суммы займа.

Таким образом, Вы должны вернуть сумму займа и начисленные проценты.