Добрый день! К договору мены применяются правила такие же как и к договору купли-продажи — ст. 567 ГК РФ:2. К договору мены применяются соответственно правила о купле-продаже (глава 30), если это не противоречит правилам настоящей главы и существу мены. При этом каждая из сторон признается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен.
Соответственно, если Ваша стоимость квартиры превышает 1 млн., то налог необходимо будет оплатить с суммы, превышающей 1 млн. рублей. Также можно сделать взаимозачет, например, Вы приобретали квартиру за 1200000, а продали за 1300000, то налог придется оплатить со 100000 рублей. С уважением, Урванцев Евгений.