Добрый день. Тут не возникает двойного налогообложения. Торговля по договорам купли-продажи (оптовой?) под ЕНВД не попадает. Вам нужно вести раздельный учет. Продажа товара по договорам розничной купли-продажи — на ЕНВД, оптовой — на УСН. Если вы применяете ККМ, то можно сделать 2 отдела. Или же оплату от юр. лиц принимать по безналу.
НК РФ Статья 346.27 розничная торговля — предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами (в том числе за наличный расчет, а также с использованием платежных карт) на основе договоров розничной купли-продажи.
ГК РФ Статья 492. Договор розничной купли-продажи
1. По договору розничной купли-продажи продавец, осуществляющий предпринимательскую деятельность по продаже товаров в розницу, обязуется передать покупателю товар, предназначенный для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью.
Как правило, организации приобретают товары именно для осуществления предпринимательской деятельности.