Может ли руководитель установить программы отслеживания на рабочие компьютеры?

Спасибо. А если не предупредит, а сделает это скрыто?

Тогда это можно расценить как негласный сбор информации о Вас, что является грубейшим нарушением ст. 23, 24 Конституции РФ.

В зависимости от того, каковы будут последствия этого сбора — ответственность может быть любая, в т.ч. уголовная по ст. 138 УК РФ:

Статья 138. Нарушение тайны переписки, телефонных переговоров, почтовых, телеграфных или иных сообщений

1. Нарушение тайны переписки, телефонных переговоров, почтовых, телеграфных или иных сообщений граждан — наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года.
2. То же деяние, совершенное лицом с использованием своего служебного положения, -
наказывается штрафом в размере от ста тысяч до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до двух лет, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок от двух до пяти лет, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо принудительными работами на срок до четырех лет, либо арестом на срок до четырех месяцев, либо лишением свободы на срок до четырех лет.