Здравствуйте!
Согласно Приказа МИД России от 28.06.2012 N 10303
20. В приеме документов, необходимых для предоставления государственной услуги, отказывается в случаях: 20.1. Отсутствия либо представления оформленного ненадлежащим образом какого-либо из документов или фотографий, предусмотренных пунктом 17 настоящего Регламента.
20.2. Несоблюдения требования о подаче заявления лично заявителем (через законного представителя) либо законным представителем несовершеннолетнего, за исключением случая подачи заявления через организацию или через орган государственной власти.
20.3. Отсутствие у организации, направляющей заявителя за пределы территории Российской Федерации, регистрации в МИД России в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.
Это исчерпывающий перечень случаев когда в приеме заявления может быть отказано.
В соответствии с п. 17
Для предоставления государственной услуги в случаях, предусмотренных настоящим Регламентом, заявитель представляет лично, через законного представителя либо направляющую организацию следующие документы либо документы и их копии:
17.1. Заявление о выдаче паспорта:
— для оформления паспорта гражданину Российской Федерации, достигшему возраста 18 лет — в двух экземплярах;
17.3. Основной документ, удостоверяющий личность гражданина Российской Федерации, и его копию — если гражданин, которому оформляется паспорт, достиг возраста 14 лет:
17.3.1. Паспорт гражданина Российской Федерации, удостоверяющий личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации (далее — внутренний паспорт), — при подаче заявления в Консульский департамент или представительство.
17.3.2. Паспорт либо паспорт гражданина Российской Федерации, являющийся основным документом, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, содержащий электронный носитель информации (далее — паспорт, содержащий электронный носитель информации), — при подаче заявления в загранучреждение.
17.7. Одну фотографию гражданина, которому оформляется паспорт (дополнительно к фотографии, помещенной на заявление), а также одну фотографию ребенка в возрасте до 14 лет, сведения о котором вносятся в паспорт гражданина, которому оформляется паспорт, в черно-белом или цветном исполнении размером 35 x 45 мм.
17.8. Документ, подтверждающий оплату консульского сбора — в случае подачи заявления в загранучреждение.
Согласно п. 92. Заявители имеют право подать жалобу на решение и (или) действие (бездействие) МИД России, представительства или загранучреждения и (или) их должностных лиц при предоставлении государственной услуги (далее — жалоба).
94. Заявитель может обратиться с жалобой, в том числе в следующих случаях:
отказ в приеме документов, предоставление которых предусмотрено нормативными правовыми актами Российской Федерации для предоставления государственной услуги, у заявителя;
В жалобе, которую Вы направите в МИД России необходимо указать, что Вам было неправомерно отказано в приеме заявления. Пусть они дадут письменный ответ.