Не зная точно конкретных претензий налоговой предположу следующее.
Согласно ст. 346.12. НК РФ не вправе применять упрощенную систему налогообложения: негосударственные пенсионные фонды;
Видимо это и есть претензия.
Выскажу свое мнение по этому вопросу.
Само по себе указание в такого кода не является основанием для отказа в применении УСН. Код это только код. Важна сама деятельность в качестве НПФ. Её, наверное, нет.
А чтобы не было вопросов смените код в ЕГРЮЛ. Зачем он вам? Эта деятельность четко заорганизована.
Правовые, экономические и социальные отношения, возникающие при создании негосударственных пенсионных фондов, осуществлении ими деятельности по негосударственному пенсионному обеспечению, в том числе по досрочному негосударственному пенсионному обеспечению, обязательному пенсионному страхованию, реорганизации и ликвидации указанных фондов, регулируются Федеральным законом от 07.05.1998 N 75-ФЗ «О негосударственных пенсионных фондах». Согласно п. 1 ст. 2 этого Закона негосударственный пенсионный фонд — это организация, исключительной деятельностью которой является негосударственное пенсионное обеспечение, в том числе досрочное негосударственное пенсионное обеспечение, и обязательное пенсионное страхование. Такая деятельность осуществляется фондом на основании лицензии на осуществление деятельности по пенсионному обеспечению и пенсионному страхованию;
Нет деятельности и статуса НПФ, нет и обязанности переходить на общий режим.
Но по большому счету могли аннулировать, а могли и не аннулировать?
Аркадий верно вам написал, что имеет значение наличие самой деятельности, а не только кода в ЕГРЮЛ. Если налоговая докажет, что вы все-таки осуществляли деятельность, то вас переведут на ОСНО. Если вы сможете доказать, что не осуществляли данную деятельность и уберете этот код из основного или вообще из выписки, то могу предположить, что вы останетесь на УСН.