Здравствуйте. Если Вы признаны нуждающимся и стоите на получение квартиры, то отказ от субсидии не влечет автоматическое увольнение. Но в связи с последними изменениями в ФЗ " о статусе военнослужащих" в ст. 23 абзац.3 В случаях, если военнослужащие отказались от предложенного жилого помещения, расположенного по месту военной службы или по избранному месту жительства, которое соответствует требованиям, установленным законодательством Российской Федерации, либо отказались от жилищной субсидии или не представили документы, необходимые для предоставления жилого помещения или жилищной субсидии, в течение 30 дней с даты уведомления увольняются с военной службы, но остаются в списках очередников.
По Вашему вопросу посмотрите еще ст. 15 ФЗ " О статусе военнослужащих" в частности п.19