Если В вашем договоре с микрофинасовой организацией (МФО) прописано, что общая сумма пени не может превышать суммы просроченного долга, то тогда Ваше утверждение, что "пени не могут превышать 100% от суммы" верно. Не думайте, что если Вы в глаза не видели этого договора, то его и не было. Вероятнее всего Вы заполнили в офисе МФО какое-нибудь заявление на выдачу микрозайма, которым согласились со всеми условями этого договора.
Платить Вам придется независимо от того будет суд или нет. Затрудняюсь оценить перспективы суда. Думаю Вы скорее всего проиграете. У Вас был долг, по нему образовалась просрочка и началось начисление пени. Объективно говоря, Вы должны заплатить, то что Вы забыли не является основанием для освобождения от долга. Но россйискй суд (согласно ст. 333 ГК РФ) в случае сели подлежащая уплате пеня явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства вправе уменьшить ее (произвольно, на любую сумму). Скорее всего суд воспользуется таким правом.
МФО может не обращаться в суд, а уступить (как бы продать) Ваш долг коллекторам (если только это прямо не запрещено договором между Вами и МФО). В таком случае Вы становитесь должны не МФО, а коллекторам. Тогда будете разговаривать с другими людьми...
Удачи!