Безналичные расчеты ООО с ИП

Может, конечно. Если это лицевой счет, связанный с ведением предпринимательской деятельности.

Сошлитесь, например, на ст.861 ГК РФ

2. Расчеты между юридическими лицами, а также расчеты с участием граждан, связанные с осуществлением ими предпринимательской деятельности, производятся в безналичном порядке. Расчеты между этими лицами могут производиться также наличными деньгами, если иное не установлено законом.

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_170140/?frame=43#p4616
© КонсультантПлюс, 1992-2015

Не совсем понятно, что вы имеете в виду под понятием «лицевой счет». Если это текущий счет, который открыт на физлицо — то его использование будет неправомерно.

В договоре обслуживания текущего лицевого счёта физического лица, указывается, что вы не вправе использовать счёт в предпринимательских целях. То есть если платеж будет направлен вам как ИП, то банк может его не принять.

ФНС может посчитать оплату за аренду как доход гражданина, а значит ООО (арендатор) должно как налоговый агент удержать с вознаграждения НДФЛ и перечислить налог в бюджет.

Также есть риск того, что инспекторы могут признать поступления на лицевой счёт доходом физлица (а не доходом от деятельности ИП) и потребовать уплатить 13% НДФЛ. Дополнительно начислят штрафы и пени за то, что вы не уплатили НДФЛ сразу как получили этот доход.
По этому вопросу существует такое же разъяснение ЦБ РФ.