Здравствуйте, Василий.
Во-первых, выплата компенсации за поднаем никак не зависит от факта признания Вас нуждающимся в улучшении жилищных условий. Однако, если Вы имеете в месте прохождения военной службы жилье, служебное жилье, а, соответственно, и компенсация за поднаем, Вам не положены.
Во-вторых, если Вы действовали добросовестно в вопросе подтверждения оснований для производства выплат (не предоставляли недостоверных сведений, не скрывали данные, например) вычесть что-то у Вас из зарплаты без Вашего согласия будет для командования весьма проблематично, незаконно и легко оспоримо с Вашей стороны.
Если и были нарушения в назначении выплат, и выплаты осуществлялись незаконно, к материальной ответственности будут привлечены виновные в этом лица.
Методические же рекомендации, как можете объяснить сославшемуся на них лицу, норм права не содержат.
Да, и еще добавлю, компенсация выплачивается с момента заключения договора найма жилого помещения. Если интересует нормативное обоснование, укажите где Вы служите (МО, МВД, ФСБ?)
В МО, подскажите пожалуйста нормативное обоснование.