Дата подписания договора и протокол разногласий

Фактически протокол разногласий является инструментом урегулирования преддоговорных споров, таким образом датой заключения договора является дата получения Вашим контрагентом подписанного Вами экземпляра договора с протоколом разногласий

Статья 433. Момент заключения договора
1. Договор признается заключенным в момент получения лицом, направившим оферту, ее акцепта.

2. Если в соответствии с законом для заключения договора необходима также передача имущества, договор считается заключенным с момента передачи соответствующего имущества (статья 224).

3. Договор, подлежащий государственной регистрации, считается заключенным с момента его регистрации, если иное не установлено законом. 

В том случае если Ваш контрагент направил вам протокол согласования разногласий с которым Вы не согласны, то вы вправе направить в данную организацию мотивированные возражения на данный протокол, либо обратиться в суд за разрешением данного спора

Статья 446. Преддоговорные споры
В случаях передачи разногласий, возникших при заключении договора, на рассмотрение суда на основании статьи 445 настоящего Кодекса либо по соглашению сторон условия договора, по которым у сторон имелись разногласия, определяются в соответствии с решением суда.

Дополню, что вы вправе в протоколе разногласий указать дату с которой договор будет считаться заключенным