Добрый вечер!
В любом случае, если Вы хотите ввести третьего участника ООО, то УК Вам увеличивать придется и регистрировать это в налоговой. А на счет выхода/продажи долей, то если у Вас, как Вы написали, активы отрицательны, то при выходе учредителей выплаты действительной стоимости их долей не будет производиться, но при выходе участников у вас получится более длительная процедура оформления долей, поскольку первоначально доли перейдут к ООО, это нужно будет зарегистрировать в реестре, затем принять решение о перераспределении долей и также зарегистрировать. Купля-продажа долей оставшемуся (вошедшему) учредителю по номиналу будет гораздо быстрее и, к тому же, не требует нотариальной формы, поскольку сделки по продаже долей в УК между учредителями (или в порядке реализации преимущественного права) не требуют нотариальной формы.
С уважением,
Ширченко Екатерина