Емеет ли право работодатель высчитывать алименты, если приказ не вступил в силу и поданы возражения в аппеляцию

Согласно закону

Немедленному исполнению подлежит судебный приказ или решение суда о:

взыскании алиментов;

выплате работнику заработной платы в течение трех месяцев;

восстановлении на работе; включении гражданина Российской Федерации в список избирателей, участников референдума.

Поэтому несмотря на ваши возражения относительно судебного приказа, его немедленное исполнение не противоречит законодательству. 

В качестве примера (для понимания ситуации), в законе допускается также право суда по просьбе истца обратить к немедленному исполнению решение, если вследствие особых обстоятельств замедление его исполнения может привести к значительному ущербу для взыскателя.

К вашему случаю это никак не относится, то в законе далее сказано, что 

На определение суда о немедленном исполнении решения суда может быть подана частная жалоба. Подача частной жалобы на определение о немедленном исполнении решения суда не приостанавливает исполнение этого определения.