В соответствии со ст.220 Налогового кодекса РФ имущественный налоговый вычет в связи с приобретением объекта недвижимости предоставляется независимо от источник средств для его приобретения. Общий размер вычета не может составлять более 2 млн. рублей, без учета процентов за пользование кредитом. Это говорит о том, что при стоимости объекта, к примеру, 3 млн. рублей, имущественный вычет будет предоставлен только из расчета 2 млн. рублей.
В Вашей ситуации рассматриваемый вычет предоставляется из суммы расходов на приобретение квартиры и расходов на погашение процентов по целевому кредиту.