Одновременно внести данные изменения у вас не получится.
Я бы на вашем месте поступил бы следующим образом.
1. Направил бы в налоговую инспекцию пакет документов и заявление по форме № Р14001 «Заявление о внесении изменений в сведения о юридическом лице, содержащиеся в Едином государственном реестре юридических лиц», подписанное новым директором, в соответствии с Приказом ФНС России от 25.01.2012 N ММВ-7-6/25@.
После того, как будут внесены изменения в сведения о юридическом лице, содержащиеся в Едином государственном реестре юридических лиц
2. Направил бы в налоговую инспекцию пакет документов и заявление по форме № Р13001 «Заявление о государственной регистрации изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица», подписанное новым директором.
Сделать данные регистрационные действия в иной последовательности у вас вряд ли получится.