ИП (УСН) выставил счет-фактуру с НДС и получил оплату
Я участвовала в аукционе нового для себя направления (на проведение работ по капремонту), стала единственным участником (проект оказался убыточным, к тому же работы "закрыли" по минимуму, с большим уменьшением сметы). Работы закончены, исп. документация подписана и сдана, оплата только что получена. Аукционный договор содержал условие "без НДС", однако приложением имел смету с выделенным НДС. Заказчик (фин.управление) объяснил наличие НДС в смете "нежеланием ограничивать конкуренцию", по его же просьбе я выставила счет-фактуру - с НДС -, по которому была произведена оплата. Также акт приемки КС-2 и справка о стоимости работ КС-3 содержат выделенный НДС. Теперь Заказчик требует переделать весь пакет документов, чтобы он соответствовал договору, т.е. без НДС. Насколько я поняла из штудирования Интернета на эту тему, мне грозит: а) в случае перевыставления документов, на этот раз без НДС - я автоматически лишаюсь 100 т.р. - именно столько составляет налог в предоставленных мною документах на оплату (КС-3, счет-фактура). Либо: б) я отказываю Заказчику в переделывании доков, зато мне светит необходимость предоставления декларации по НДС (я сейчас на УСН) и последующая уплата НДС в бюджет. Помогите, пожалуйста! правомерны ли требования Заказчика? И, насколько понимаю, эту сумму (НДС 100 т.р.) я в любом случае теряю - или в бюджет в виде НДС или Заказчику в виде уменьшения суммы счета? Спасибо!

Дополнительно отмечаю, что в приложение к аукциону (где указано про НДС) необходимо внести изменения по согласованию с Заказчиком.
В Письме Минфина РФ № 02-11-08/2467 указано, что при заключении контракта с победителем процедуры размещения заказа, применяющим УСН, по согласованию с ним заказчик вправе внести изменения в сводный сметный расчет стоимости строительства в пределах определенной по результатам торгов твердой цены контракта, указав в предусматриваемой за итогом сводного сметного расчета графе «Сумма налога на добавленную стоимость»: «Без НДС».