Здравствуйте, Юрий.
Ввиду того, что Вы являетесь руководителем и единственным учредителем ООО, то Вы не обязаны с собой, как с Г.Д. заключать трудовой договор.
Так что Вы действовали правильно.
Аналогичное мнение выражено в Письме Роструда от 06.03.2013 № 177-6-1.
Согласно Письму ФНС РФ от 26.04.2007 № ЧД-6-25/353@ «О рекомендациях по Порядку заполнения формы „Сведения о среднесписочной численности за предшествующий календарный год“ указанные сведения включают данные о средней численности именно работников организации.
А работники — это те, с кем заключен трудовой договор.
Следовательно, исходя из законодательства РФ, в графе о численности Вы должны поставить „0“.
Однако исходя из логики вещей организация с нулевой численностью работать не может.
В итоге у Ваших контрагентов могут возникнуть проблемы. Так, например, в Постановлении ФАС Восточно-Сибирского округа от 23.12.2009 № А19-8204/09 суд принял решение, фактическая хозяйственная деятельность организацией не велась, так как ее контрагент имел среднесписочную численность 0 человек.
Разъяснений по этому поводу контролирующих органов нет. Поэтому фактически Вы можете указать либо «1», либо «0».
Негативных последствий это не вызовет.
Вы конечно можете позвонить в налоговую и уточнить какое значение указать в Сведениях. Это оптимальный вариант в неоднозначных ситуациях, который позволит избежать претензий налоговиков. Однако все же я не рекомендую Вам указывать в Сведениях 0 человек, а указать 1 человека.