Здравствуйте.
Вопрос конечно специфический, должностную инструкцию нужно сделать, ознакомить работника. Пока этого нет, доказывать правомерность будет сложно.Хотя конечно учитывая должность, качественная приемка входит в его должностные обязанности, но опять же заведующий не обязательно лично принимает, он может контролировать приемку, организовывать ее. Он уже осуществлял аналогичные функции, составлял ли акты о расхождении в период пребывания в должности? Есть ли иные работники склада? Возьмите объяснение с работника, если он признает факт невыполнения данной обязанности, привлечете его к ответственности ссылаясь на трудовой договор, ТК РФ, объяснения. Если этого он раньше не делал, отрицает тот факт, что это входит в его обязанности, то вы также можете привлечь его к ответственности, но при обжаловании придется доказывать правомерность поведения.