Здравствуйте, Татьяна!
Согласно ч.1 ст.313 ГК РФ Исполнение обязательства может быть возложено должником на третье лицо, если из закона, иных правовых актов, условий обязательства или его существа не вытекает обязанность должника исполнить обязательство лично. В этом случае кредитор обязан принять исполнение, предложенное за должника третьим лицом.
Между физ лицом и его контрагентом можно заключить дополнительное соглашение к договору, где будет указано, что сумма перечисленная по платежному поручению №___ от__.___.2014г., считается уплаченной в исполнение обязательства физ лица.
Можете возвратить платеж как ошибочный. Тут все зависит от того как вам удобнее.
Сделка законна, но желательно указать в доп соглашении, что опалты от ООО принимаются в качестве надлежащего исполнения обязательства физ лицом.
Желаю удачи!