Регистрация жены и ее несовершеннолетнего ребенка при в/ч

Согласно п.3 ст.15 Федерального закона от 27.05.1998 N 76-ФЗ(ред. от 03.02.2014, с изм. от 04.06.2014)«О статусе военнослужащих»
  Военнослужащие — граждане, проходящие военную службу по контракту, и члены их семей, прибывшие на новое место военной службы военнослужащих — граждан, до получения жилых помещений по нормам, установленным федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, регистрируются по месту жительства, в том числе по их просьбе по адресам воинских частей. Указанным военнослужащим — гражданам и членам их семей до получения жилых помещений предоставляются служебные жилые помещения, пригодные для временного проживания, жилые помещения маневренного фонда или общежития.

В Вашей ситуации если командир части отказал Вам регистрации Вы вправе подать заявление в суд и в судебном порядке обжаловать решение должностного лица.

Выселять Вашу бывшую семью Вы не имеете права.