«Самозачета» не будет. Чтобы у вас не возникла обязанность уплатить налог в связи с продажей квартиры, то вы должны были её продать не дороже, чем её купили.
В противном случае, вы обязаны уплатить налог от продажи квартиры в размере 13% от стоимости проданной вами квартиры, превышающей 1 млн рублей.
Что касается вновь приобретенной квартиры, то вы имеете право получить налоговый вычет
в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них