Павел, здравствуйте. Скорее всего, в реестре осталась ипотека в силу закона в пользу продавца. Её снимают через Росреестр или через суд.
1. Откуда обременение. Когда дом покупают с материнским капиталом, деньги перечисляют продавцу безналичным путём (п. 1 ч. 1 ст. 10 Федерального закона № 256-ФЗ). Если по договору оплата происходит после передачи дома, до оплаты он считается в залоге у продавца (п. 5 ст. 488 ГК РФ). Запись в реестре автоматически не исчезает.
2. Залог уже прекратился. Если деньги продавцу полностью перечислены, обязательство исполнено, а вместе с ним прекращается и залог (пп. 1 п. 1 ст. 352 ГК РФ). Осталась только запись в реестре, которую нужно погасить.
3. Как её погасить. Запись об ипотеке погашается по совместному заявлению покупателя и продавца, по заявлению одного продавца или по решению суда (п. 1 ст. 25 Федерального закона № 102-ФЗ «Об ипотеке»). Раз связи с продавцом нет (а если она умерла, вопрос решается с её наследниками), остаётся суд: иск о прекращении ипотеки. Решение суда — основание для Росреестра погасить запись.
4. Что собрать. Договор купли-продажи, выписку из ЕГРН, расписку продавца о получении денег, а также справку из Социального фонда о перечислении материнского капитала продавцу (с датой и суммой). Именно перечисление денег — главное доказательство оплаты.
Сколько займёт дело и что придётся доказывать, зависит от договора и того, что известно о продавце. Это стоит разобрать по документам.
Работаю и дистанционно: напишите мне в личный чат на сайте — посмотрю ваши документы и подскажу, как быстрее снять обременение.