Здравствуйте, Иван!
Само получение загранпаспорта не является основанием для вручения повестки и не связано с постановкой на воинский учёт. Обычная процедура выдачи паспорта в МВД не предполагает участия сотрудников военкомата. Оценить вероятность такого случая в конкретном отделении невозможно, но оснований считать, что при выдаче паспорта вас обязательно будут ждать сотрудники военкомата, нет.
Вручить повестку могут лично уполномоченные сотрудники военкомата, если соблюдён установленный порядок. Само по себе вручение не в военкомате не обязательно делает повестку недействительной, но важно, кто именно её вручает и о чём в ней говорится. Для призыва по мобилизации граждане запаса обязаны являться по мобилизационным предписаниям и повесткам согласно статье 17 Федерального закона № 31-ФЗ «О мобилизационной подготовке и мобилизации в Российской Федерации».
Категория «В» обычно освобождает от призыва на срочную службу в мирное время, но сама по себе не означает освобождение от мобилизации. Возможность призыва зависит также от возраста, звания, специальности, состояния здоровья и наличия оснований для отсрочки. Это следует отличать от категории «Д», означающей негодность к военной службе.
Если вам вручат документ, проверьте, кем он выдан, куда и когда требуется явиться, и сохраните копию или фото.