Добрый день!
Нет, по общему правилу командир не вправе не отпустить вас в отпуск по болезни: заключение ВВК с категорией «Г» и сроком 45 суток является для него обязательным, и соответствующий приказ должен быть издан — в законе нет условия о том, что такой отпуск предоставляется «на усмотрение командования». Единственный нюанс, на который командир может ссылаться, — это определение места проведения отпуска (при части или по месту жительства), однако и это решение должно быть мотивированным и обоснованным, а не произвольным. Поэтому в рапорте обязательно укажите конкретное место проведения отпуска (например, «по месту жительства») и потребуйте письменный отказ, если командир будет настаивать на проведении отпуска в части, — с этим документом вы сможете обратиться в военную прокуратуру или в гарнизонный военный суд.
Если вам нужна более подробная информация по этому вопросу — напишите мне в личные сообщения pravoved.ru/private/chat/.