Здравствуйте.
1. Вопрос довольно комплексный и нужно изучать причины отказа (у Вас акт отказа есть?).
Профильное Постановление Правительства говорит, что
В заключении экспертизы указывается однозначный вывод:
о возможности (положительное заключение) или невозможности (отрицательное заключение) проведения земляных, строительных, мелиоративных и (или) хозяйственных работ, предусмотренных статьей 25 Лесного кодекса Российской Федерации работ по использованию лесов (за исключением работ, указанных в пунктах 3, 4 и 7 части 1 статьи 25 Лесного кодекса Российской Федерации) и иных работ при определении отсутствия или наличия выявленных объектов археологического наследия на земельных участках, землях лесного фонда либо в границах водных объектов или их частей, подлежащих воздействию земляных, строительных, мелиоративных и (или) хозяйственных работ, предусмотренных статьей 25 Лесного кодекса Российской Федерации работ по использованию лесов (за исключением работ, указанных в пунктах 3, 4 и 7 части 1 статьи 25 Лесного кодекса Российской Федерации) и иных работ...
https://docs.cntd.ru/document/1305789387?marker=6580IP
Экспертиза у Вас как раз по этому пункту (его содержанию).
В представленном Вами Акте эксперт прямо указывает на возможность проведения работ (положительное заключение).
При этом эксперт указывает на необходимость разработки и согласования документации, обеспечивающей сохранность указанных объектов.
Такая последовательность действий в целом соответствует процедуре, указанной в Федеральном законе от 25.06.2002 N 73-ФЗ:
Строительные и иные работы на земельном участке, непосредственно связанном с земельным участком в границах территории объекта культурного наследия, проводятся при наличии в проектной документации разделов об обеспечении сохранности указанного объекта культурного наследия или о проведении спасательных археологических полевых работ или проекта обеспечения сохранности указанного объекта культурного наследия либо плана проведения спасательных археологических полевых работ, включающих оценку воздействия проводимых работ на указанный объект культурного наследия, согласованных с региональным органом охраны объектов культурного наследия.
2. Полагаю, именно этот пункт и смутил орган власти, и он посчитал, что вывод неоднозначный?
Если так, то Вы вправе ссылаться, что необходимо разграничивать положительное заключение о возможности проведения работ и разрешение на их непосредственное выполнение.
Для окончательной оценки перспектив и тем более определения тактики поведения нужно изучать отказ с изложением конкретных замечаний к Акту. Если есть и другие доказательства, их, конечно, тоже.