Здравствуйте, Максим!
Само по себе наличие судимостей у отца не означает, что детей после смерти матери обязательно передадут её сестре. Сначала нужно установить, кто юридически является отцом и остались ли дети без родительского попечения.
Если Вы записаны отцом детей, сохраняете родительские права и можете обеспечивать их воспитание и безопасность, у Вас есть преимущественное право на воспитание перед другими лицами — статья 63 СК РФ. Оформлять опеку над собственными детьми для этого не требуется. Судимость сама по себе родительские права не прекращает.
Если же Вы были супругом матери фактически, но отцом детей является другой мужчина, совместное проживание с матерью не даёт Вам автоматически прав родителя. Тогда необходимо выяснить положение юридического отца: где он находится, участвует ли в воспитании, лишён или ограничен ли в родительских правах.
Опеку устанавливают над детьми, оставшимися без попечения родителей, по статьям 121 и 145 СК РФ. Например, длительное отсутствие отца или фактическое уклонение от воспитания могут потребовать вмешательства органа опеки. Не во всех случаях для назначения опекуна сначала требуется лишать отца родительских прав.
Сестра матери вправе обратиться с заявлением, однако родство не означает автоматического назначения. Орган опеки проверяет обстоятельства жизни детей и соответствие кандидата требованиям статьи 146 СК РФ. Ограничения по судимости для кандидатов в опекуны нельзя автоматически переносить на вопрос о сохранении прав собственного отца. Для назначения опекуна 13-летнему ребёнку необходимо его согласие — пункт 4 статьи 145 СК РФ.
Сейчас стоит письменно обратиться в орган опеки по месту нахождения детей, сообщить о смерти матери, указать, с кем дети живут и кто фактически заботится о них. Если Вы их юридический отец, приложите подтверждение отцовства и изложите свою позицию о дальнейшем воспитании.
Уточните, пожалуйста: Вы указаны отцом в свидетельствах о рождении обоих детей? Чьи именно судимости имеются в виду и находится ли отец сейчас в местах лишения свободы? Сестра только заявляет о намерении оформить опеку или уже есть решение органа опеки?