Здравствуйте. При действующем ограничении на выезд из РФ рассчитывать на поезд через Литву нельзя: несмотря на российские пункты отправления и назначения, маршрут предполагает пересечение государственной границы и транзит по иностранной территории.
Сначала установите основание запрета и орган, который его ввёл. Если ограничение наложено приставом, потребуется его законное снятие и поступление соответствующих сведений в систему пограничного контроля. Одна квитанция об оплате долга не всегда означает, что ограничение уже снято.
Для поездки между Калининградом и Москвой можно рассмотреть прямой внутренний авиарейс, который не предполагает прохождения иностранной границы, при отсутствии иных применимых ограничений. Не покупайте транзитный билет в расчёте, что конечный пункт в России отменяет запрет.