Обратиться можно через интернет-приёмную Главной военной прокуратуры (epp.genproc.gov.ru, раздел «Военная прокуратура»), указав номер части и звание брата — оттуда направят нужному гарнизонному прокурору, который и надзирает за в/ч 42038. Можно также подать почтой или лично.
В заявлении укажите ФИО, звание, номер части брата, дату и обстоятельства потери связи, что уже предпринято (обращения к командиру, в военкомат, на горячую линию Минобороны), и попросите провести проверку и сообщить о принятых мерах. Приложите документы о родстве.
Основание -ст. 10 и 22 закона «О прокуратуре РФ» № 2202-1 (право прокурора проверять исполнение закона в части). Срок ответа -30 дней, с возможным продлением ещё на 30 (ст. 12 закона № 59-ФЗ).
Если нужно юридически зафиксировать статус (для выплат, имущества), это отдельно -через суд, признание безвестно отсутствующим по ст. 42 ГК РФ, не через прокуратуру.
Стоит подготовить письменное заявление -так фиксируется срок для ответа. Могу помочь с текстом.