Верна вторая цифра: 6% платится с суммы вознаграждения, то есть около 3 000 рублей, а не с полной стоимости квартиры.
По агентскому договору для целей УСН доходом агента признаётся только агентское вознаграждение: суммы, полученные для передачи принципалу, из налоговой базы прямо исключены (пп. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ, эта норма применяется к упрощёнке через ст. 346.15 НК РФ). Вы не продаёте квартиру, вы оказываете услугу по продаже чужой квартиры, и деньги покупателя вам как доход не принадлежат.
Это работает только при аккуратном оформлении расчётов. Деньги за квартиру должны юридически оставаться деньгами собственника: правильно, если покупатель платит напрямую на счёт собственника, или если сумма приходит вам транзитом и сразу перечисляется принципалу по акту. Если 3 миллиона осядут на вашем счёте ИП и смешаются с текущими операциями, при проверке налоговая вправе переквалифицировать это как вашу личную продажу со всей суммы в доход.
Отдельный риск здесь не налоговый, а банковский. Крупное разовое поступление на счёт ИП, не соответствующее заявленным кодам ОКВЭД, банк по 115-ФЗ может расценить как подозрительную транзитную операцию и запросить документы либо временно приостановить операции по счёту. Прямой ответственности за то, что нужный код не указан, закон, как правило, не устанавливает: ОКВЭД не ограничивает вашу правоспособность заключать сделки, а риэлторская деятельность в России не лицензируется. Но добавить код 68.3 через форму Р24001 быстрее и дешевле, чем потом объяснять банку законность операции.
Как деньги от покупателя пойдут физически: напрямую собственнику или через ваш счёт? От этого зависит, останется ли расчёт с 3 000 рублей верным, или сделку признают вашей личной продажей.