Доброе утро!
Сначала необходимо определить Ваш доход за 2025 год и с начала 2026 года. С 2026 года правила для ИП на УСН существенно изменились: если доход за 2025 год не превысил 20 млн руб., Вы автоматически освобождены от уплаты НДС. Если в течение 2026 года доход превысит 20 млн руб., обязанность исчислять НДС возникает с 1-го числа месяца, следующего за месяцем превышения. Это предусмотрено ст. 145 НК РФ.
Если Вы сейчас пользуетесь таким освобождением, просто по просьбе ООО выставлять счет-фактуру с выделенным НДС не рекомендую. Если освобожденный от НДС ИП все же выставит покупателю счет-фактуру и выделит в нем НДС, эту сумму придется перечислить в бюджет на основании п. 5 ст. 173 НК РФ. Кроме того, возникнет обязанность представить декларацию по НДС. При этом принять «входной» НДС к вычету при таком освобождении Вы не сможете.
То есть если стоимость работ составляет, например, 100 000 руб. и Вы дополнительно укажете НДС, это уже не просто формальность для бухгалтерии заказчика: выделенная сумма налога создаст для Вас реальные налоговые обязанности.
Если же Ваш доход за 2025 год превысил 20 млн руб. либо соответствующий лимит уже превышен в 2026 году, ситуация другая: Вы обязаны работать с НДС. В зависимости от размера дохода и выбранного порядка можно применять специальные ставки 5% или 7% либо общеустановленную ставку 22% с правом на налоговые вычеты при соблюдении условий гл. 21 НК РФ. При специальных ставках 5% и 7% «входной» НДС к вычету, как правило, не принимается.
Поэтому сначала сообщите ООО, применяете ли Вы освобождение от НДС. Если освобождение действует, договор, счет и акт следует оформлять без выделения НДС, а условие о цене также корректно прописать в договоре.