Добрый день!
Когда Вы подписали контракт, следователь (с согласия руководителя следственного органа) или дознаватель (с согласия прокурора) мог приостановить дело — на основании п. 3.1 ч. 1 ст. 208 УПК РФ. Для этого обычно нужно ходатайство от командования части. Но само по себе приостановление — это ещё не окончательное прекращение. Оно означает лишь паузу в расследовании, пока человек служит. Если основание для паузы отпало (например, Вас комиссовали по ранению и Вы больше не проходите службу), решение о приостановлении может быть отменено и производство по делу возобновлено. То есть закон не гарантирует автоматического закрытия дела при контракте — он даёт механизм приостановки, которая снимается, если служба прекращается.
В Вашем случае, если дело возобновили, следует обратиться с ходатайством о прекращении уголовного преследования в соответствии со ст. 28.2 УПК РФ и п. «б» ч.1 ст. 78.1 УК РФ. Согласно данным положениям, увольнение со службы по состоянию здоровья (признание негодным к военной службе) — это как раз то основание, которое по закону даёт право на освобождение от уголовной ответственности.
Если мой ответ был полезен, буду благодарна положительной оценке.
С уважением, Ветрова С.В.
Также дополню, что статья 78.1 УК РФ содержит перечень составов преступлений, за которые освобождение от ответственности даже при увольнении по здоровью не предусмотрено. В основном это тяжкие и особо тяжкие преступления: против половой неприкосновенности несовершеннолетних, против мира и безопасности человечества, террористические, экстремистские, государственная измена и другие.
Если статья, по которой в отношении Вас ведется предварительное расследование, не попадает в данный перечень, Вы имеете право на прекращение уголовного преследования по ст. 28.2 УПК РФ.