Здравствуйте.
Алименты - это лишь часть денежного довольствия, которая по решению суда или соглашению удерживается на содержание ребёнка (обычно 25% на одного ребёнка, ст. 81 СК РФ). Остальная часть - это личное денежное довольствие военнослужащего, ребёнку оно не полагается, пока боец числится пропавшим без вести, а не признан безвестно отсутствующим или умершим в судебном порядке.
Эта оставшаяся сумма никуда не "уходит" в бюджет - она продолжает начисляться и копится на личном счёте/карте самого военнослужащего в Едином расчётном центре Минобороны, в силу ч. 3 ст. 2 ФЗ № 306-ФЗ выплаты сохраняются за ним до полного выяснения обстоятельств. Но есть важный нюанс: если суд официально признает его безвестно отсутствующим, у семьи появляется право на получение этого сохранённого довольствия - но не автоматически ребёнку, а в порядке очерёдности, установленной для членов семьи (супруга, при её отсутствии - дети/их представитель, потом родители).
То есть сейчас деньги не теряются, но и доступа к ним у сына нет, пока не пройдена судебная процедура признания статуса отца.