Можно ли лишить мужа доли в ипотечной квартире при раздельном проживании?

Лишить его доли полностью через суд нельзя автоматически, но можно серьёзно уменьшить его долю или добиться отступления от принципа 50/50 - через п. 4 ст. 38 СК РФ, который позволяет суду признать имущество, приобретённое супругом в период раздельного проживания при фактическом прекращении семейных отношений, его личной собственностью.

У Вас как раз этот случай: 6 лет раздельного проживания, у него другая семья, ипотеку платите Вы одна. Это не автоматическое лишение доли, но серьёзный аргумент для суда, чтобы отступить от равенства долей в Вашу пользу или признать долю, оплаченную Вами после разрыва, Вашей личной.

Но есть нюанс - формально брак не расторгнут, а перед банком Вы оба остаётесь созаёмщиками солидарно, независимо от того, как суд поделит доли между вами. Банк вправе требовать всю сумму платежа с любого из вас, и раздел долей во внутренних отношениях его не касается без отдельного согласия банка. Плюс нужно будет доказать сам факт прекращения семейных отношений именно с той даты, а не просто "не живём вместе" - датой обычно считают фактический разъезд, но подтвердить это придётся показаниями свидетелей, документами о смене места регистрации, перепиской и т.п.