Юлия, здравствуйте.
Ключевой момент - это не "или-или" по хронологии подписания контракта, а то, будет ли дело приостановлено официально через ходатайство командования воинской части. Если приостановят - Вы едете по контракту, со всеми положенными выплатами, включая единовременную. Если суд успеет Вас осудить и отправить в колонию - тогда речь уже не о контракте, а о другом механизме (замена наказания службой через ст. 78.1 УК РФ), и там условия по выплатам совсем другие и хуже.
Механизм приостановления закреплён Постановлением Пленума ВС РФ № 39 от 17.12.2024 - следователь или суд обязаны приостановить дело при поступлении официального ходатайства от воинской части, независимо от того, на какой стадии находится процесс. То, что контракт подписан до объявления Вас в розыск - плюс, это подтверждает, что Вы не пытались "убежать от суда с помощью контракта задним числом".
Но есть серьёзный нюанс, который сейчас против Вас: Вы не явились в суд, объявлены в розыск, задержаны и водворяются в СИЗО. Суд может воспринять это не как желание пройти службу, а как злостное уклонение от правосудия, и по этой причине отказать в приостановлении дела - тогда сначала решится вопрос о мере пресечения, а потом уже, возможно, о приговоре. Пока Вы формально в статусе "в розыске/задержана" - командование части физически не может подать ходатайство, процедура зависает.
Дальше всё зависит от статьи, по которой Вас обвиняют - если она входит в перечень исключений (преступления против несовершеннолетних, терроризм, госизмена и т.п.), контракт вообще не сработает как основание для приостановления, независимо ни от чего.