Яков, здравствуйте.
Снизить налог можно, но не тем способом, о котором вы, возможно, думаете: пересчитывать доход через цену покупки наследодателя в вашем случае невыгодно — стандартный вычет в 1 млн рублей даёт результат ощутимо лучше, чем вычет на сумму 325 тысяч.
Прежде чем считать налог, стоит уточнить один момент: срок владения унаследованной квартирой для целей НДФЛ считается не с даты регистрации права и не с даты получения свидетельства о наследстве, а с дня смерти наследодателя — дня открытия наследства (ст. 1152 ГК РФ). Если с этой даты уже прошло больше 3 лет, налога не будет вообще, и вычеты не понадобятся — дальше можно не читать.
Если с даты смерти прошло меньше 3 лет, налог платить придётся, но базу можно уменьшить на выбор:
Имущественный вычет 1 000 000 рублей (подп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ) — применяется без документов о покупке.
Документально подтверждённые расходы наследодателя на покупку квартиры — в вашем случае 325 000 рублей (абз. 18 подп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ). То, что покупка была в 2000 году, до появления этой нормы, значения не имеет — правило действует и на такие случаи.
Выбирается один из двух вариантов, оба сразу не суммируются. Раз 325 000 меньше 1 000 000, в вашем случае выгоднее именно стандартный вычет — расходы наследодателя здесь не помогают, а вредят.
Посчитаем на ваших цифрах при цене 5,9 млн. Доходы от продажи имущества облагаются НДФЛ по отдельной шкале: 13% с суммы до 2,4 млн и 15% с суммы свыше (п. 1.1 ст. 224 НК РФ), при условии что других доходов этой же категории в этом году у вас не было.
С вычетом 1 млн: база 5 900 000 – 1 000 000 = 4 900 000. Налог: 2 400 000 × 13% = 312 000, плюс 2 500 000 × 15% = 375 000. Итого 687 000 рублей.
С расходами наследодателя 325 тыс.: база 5 900 000 – 325 000 = 5 575 000. Налог: 312 000 плюс 3 175 000 × 15% = 476 250. Итого 788 250 рублей.
Разница — 101 250 рублей в пользу вычета 1 млн, и это без учёта того, что для вычета в 325 тыс. дополнительно нужно подтверждать документы наследодателя, а для 1 млн — не нужно ничего, кроме факта продажи.
Ещё момент: 5,9 млн — это ваша оценка средней цены, а не цена по договору. Если договорная цена окажется ниже 70% кадастровой стоимости квартиры на 1 января года продажи, для налога всё равно возьмут 70% от кадастровой — занизить доход продажной ценой не получится (ст. 214.10 НК РФ). Кадастровую стоимость стоит проверить заранее, до подписания договора.
Дальше — оформление декларации 3-НДФЛ с обоснованием выбранного вычета: это уже отдельная работа.