Установить родство можно через суд, и генетическая экспертиза с матерью пропавшего без вести отца (бабушкой ребёнка) - вполне рабочий вариант доказывания, раз самого отца для теста нет. По ст. 264 ГПК РФ суд устанавливает факт родственных отношений в особом производстве, если от этого зависит возникновение имущественных прав - в вашем случае это право на пенсию по случаю потери кормильца.
Но здесь два отдельных юридических действия, и путать их нельзя. Первое - собственно установление происхождения ребёнка от этого мужчины (раз в свидетельстве прочерк, юридически отцовство не зафиксировано никак, независимо от того, что человек пропал). Второе - после того как отцовство установлено и внесено в ЗАГС, уже можно обращаться в СФР за пенсией, поскольку безвестно пропавший приравнивается к умершему кормильцу по ст. 10 ФЗ №400-ФЗ. Без первого шага второй просто не сработает - фонд откажет, потому что юридически родства нет.
Экспертиза с бабушкой (по восходящей линии) действительно допускается судами и в практике встречается, когда сам предполагаемый отец недоступен. Но суд оценивает её в совокупности с другими доказательствами - переписка, фото, показания свидетелей, совместное проживание родителей и т.п. Одной ДНК с бабушкой без остальных доказательств суд может не удовлетвориться.