Здравствуйте.
Исправить цену можно, но только через дополнительное соглашение с продавцом - в одностороннем порядке ни МФЦ, ни Росреестр текст уже подписанного договора не поменяют, ст. 452 ГК РФ требует такой же формы, как у основного договора.
Цена - существенное условие договора купли-продажи недвижимости (ст. 555 ГК РФ), и раз Вы подписали ДКП, юридически считается, что согласовали именно эту сумму. Главная опасность здесь не в самом факте завышения, а в том, что при любом споре суд будет отталкиваться от текста договора, а не от того, что реально передавалось из рук в руки. Если в акте или расписке написано, что оплата в указанном размере произведена в полном объёме, а фактически сумма была меньше - доказать обратное потом крайне сложно, бремя доказывания ляжет на Вас как на покупателя.
Второй момент - налоговый. Завышенная цена в договоре формально увеличивает Ваши "расходы на приобретение", что в будущем при продаже участка играет в плюс для вычета. Но при камеральной проверке ФНС может запросить подтверждение, что деньги реально переданы именно в этом размере - без банковских документов или корректной расписки вычет в полном размере могут не принять.
Всё зависит от того, что именно написано в акте приёма-передачи денег и как оплата проходила - наличными или переводом.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.