Направление на ВВК без завершённого лечения - это нарушение порядка, установленного Постановлением Правительства РФ № 565: комиссия должна оценивать состояние после проведённого лечения, а не вместо него, особенно если речь о повреждении мениска, требующем хирургического вмешательства.
По Вашим диагнозам ситуация неоднородная. Повреждение мениска и синовит - это то, что обычно требует либо операции (артроскопии), либо консервативного лечения с наблюдением, а не сразу освидетельствования. Артроз 2 стадии и киста Бейкера уже дают основания для установления ограниченной годности по статье расписания болезней, касающейся суставов, но категория зависит от конкретных цифровых показателей - ширины суставной щели, наличия контрактуры, нестабильности сустава. Без операции и полноценного обследования (МРТ, рентген стоя с нагрузкой) ВВК физически не может корректно определить степень тяжести и годность.
Отпуск по болезни - отдельный вопрос, и он не автоматический. Основание - заключение ВВК о том, что для восстановления нужно не менее 30 суток. Если Вас направляют на ВВК без лечения, велика вероятность, что комиссия либо отправит Вас на дообследование/операцию перед вынесением заключения, либо (что хуже) вынесет заключение по неполным данным, что может привести к неверной категории годности и отказу и в лечении, и в отпуске.
Тут есть смысл действовать через рапорт и жалобу, пока не подписано итоговое свидетельство о болезни - потом оспаривать сложнее.